Cirkevná základná škola sv. Margity bola zriadená v roku 2003 Nitrianskou diecézou. V roku 2008 so vznikom novej diecézy na Slovensku, konkrétne Žilinskej, prešla pod zriaďovateľskú pôsobnosť otca biskupa Tomáša Galisa. Škola je situovaná v jednom areály, v troch, na seba naväzujúcich budovách, a to konkrétne v bývalom katolíckom dome, ďalej v budove novej časti školy, ktorej výstavba bola dokončená v roku 2008 a v materskej škole, ktorá bola postavená v roku 2019. Súčasťou areálu je ihrisko s preliezkami a multifunkčné ihrisko.
Prvým riaditeľom školy bol pán Emil Hakáč, ktorého vystriedala pani riaditeľka Vlasta Orgoníková a neskôr pani riaditeľka Veronika Pobežalová. Pokiaľ ide o duchovných správcov školy, na začiatku pri zriaďovaní, to bol pán farár Jozef Bagin, pán monsignor Michal Keblušek bol duchovným správcom 16 rokov, od roku 2003 do 2019, a v súčasnosti, tretí rok, je to pán farár Stanislav Stolárik. K 1.9.2020 sa základná a materská škola zlúčili do Základnej školy s materskou školou sv. Margity. Ako už názov hovorí, patrónkou školy je sv. Margita Antiochijská.
Hlavným mottom školy alebo inak povedané, o čo sa v škole snažíme, je citát zo sv. Písma, z Matúšovho evanjelia, „Hľadajte teda najprv Božie kráľovstvo a jeho spravodlivosť a toto všetko dostanete navyše“ (Mt 6, 33).